Hast Du bei WinSCP Port 22 und SCP als Protokoll explizit angegeben?
Wenn Du Dich per ssh auf dem Server angemeldet hast, kannst Du auch von dem Verzeichnis ne Archiv erstellen und das für den Moment in Dein FTP-Verzeichnis legen, dann kannst Du das normal per ftp holen.. Genauso kannst Du auch andersrum verfahren, per ftp raus, dann an die richtige Stelle kopieren..
Iss zwar nicht die feine englische, wird aber auf die Schnelle funktionieren..